1998 var preget av problemer. Før sesongen ble klubben redde av private investorer, og etter en svak sesong rykket klubben for første gang siden 1968 ned i 2.divisjon. En dårlig presang ved 80-årsjubileet. Men med Conny Karlsson som trener og en Vegard Skogheim som gjorde comeback ble det opprykk allerede året etter.
Så kom Ståle Solbakken inn som trener foran 2003-sesongen etter en proffkarriere som spiller med stor suksess i Danmark. Det ble opprykk umiddelbart til Eliteserien og HamKam var tilbake i det gode selskap. Men Ståle ga seg etter 2005-sesongen for å bli trener i FC København.
I 2006 ble det igjen nedrykk selv om ambisjonene var skyhøye. Året etter var det igjen klart for opprykk til Eliteserien, men oppholdet skulle igjen bli svært kortvarig. I disse årene var det hele tida stor utskifting på trenersida (utenom «Ståleperioden») og spillere kom og gikk hele tida. NFF stilte stadig større krav til stadionfasiliteter, og Hamar Kommune som tidligere hadde måttet overta eierforholdet og driften av Briskeby Gressbane med klubbhuset, måtte planlegge utbygging av et nytt storstadion i byen. Dette ga forhåpninger om at klubben igjen skulle få fasiliteter som skulle bidra til et løft mot toppen av norsk fotball.